Hace ya un buen tiempo un buen amigo de la Argentina (Fer Perez) me pasó el tip de instalarme el p4merge para resolver conflictos al hacer merge con los branches de los repositorios de protocolo git.
La herramienta es muy fácil de usar, de configurar y sobre todo es muy visual, esta es muy similar a la herramienta que integran los IDE de jetbrains.